Когда Бимала Прасаду было семь лет, Шрила Бхактивинода Тхакур строил близ Рама-батана в Калькутте свой Бхакти-Бхаван. Во время строительства из земли было извлечено Божество Господа Курмы. Шрила Бхактивинода Тхакур приказал своему сыну начать поклоняться этому Божеству в соответствии с Писаниями. С раннего детства мальчик слушал проповедь своего отца с восторженным вниманием. Ребенок полностью погружался в слушание о сознании Кришны, чем приводил в изумление родственников и самого Шрилу Бхактивиноду Тхакура. К семи годам он выучил наизусть всю Бхагавад-гиту и мог прекрасно объяснить смысл любого стиха. Позже он выучился редактированию и вычитыванию корректуры в типографии Шрилы Бхактивиноды Тхакура, где печатался широко известный духовный журнал Тхакура «Саджана-Тошани». В одиннадцать лет Бимала Прасад посетил вместе с отцом различные местаигр Чайтаньи Махапрабху.
Бимала Прасад обладал фотографической памятью. Стоило ему однажды прочитать что-либо, и он мог впоследствии воспроизвести все прочитанное дословно. В школе Шри Рамапура он обучался математике и астрологии и достиг такой поразительной учености, что со временем его наставники—Пандит Махеш Чандра Чаурамани и Пандит Сунар Лал присвоили ему титул Сиддханта Сарасвати.
В этот период он посещал еженедельные воскресные собрания Вишва-вайшнава-раджа-сабхи Бхактивиноды Тхакура и слушал лекции Тхакура по Бхакти-расамрита-синдху Шрилы Рупы Госвами. Он никогда не готовил домашних заданий, а вместо того сидя дома изучал "Прартхану" и "Према-бхакти-чандрику" Шрилы Нароттамы даса Тхакура, а также другую вайшнавскую литературу. Впрочем, на любой вопрос учителей он отвечал без запинки и всегда получал отличные оценки на всех экзаменах.
Он готов был поспорить с любым человеком о любом предмете, и никто не мог победить его. Подобно тому, как в ранней юности Чайтанья Махапрабху одержал победу над великим ученым Кешавой Кашмири, Бимала Прасад однажды, под конец своей учебы в колледже, победил ученого по имени Панчанана Сахитьячарья, ученика Васудевы Шастри, знаменитого в то время профессора. Темой диспута были астрологические расчеты. Состязание было устроено в доме Шри Раджендры Чандры Шастри, который и был арбитром. После недолгой дискуссии противнику Бимала Прасада пришлось признать свое поражение. Он был настолько унижен, что не смог сдержать «позывов природы». После этого случая никто не хотел вступать с Бимала Прасадом в дискуссию из боязни быть побежденным.
В возрасте одиннадцати лет, когда Бимала Прасад учился в пятом классе, он разработал род стенографии под названием Бичанто. В это же время он вместе с отцом совершил паломничество по святым местам.
Когда мальчик учился в седьмом классе (что соответствует нынешнему восьмому), то есть, когда ему было около тринадцати лет, Шрила Бхактивинода Тхакур привез из Джаганнатха Пури четки из туласи, дал своему сыну имя Хари и велел емуповторять мантру Нрисимхи, продолжая поклоняться Божеству Господа Курмы, что тот и исполнял с величайшей верой, следуя наставлению своего отца.
В возрасте шестнадцати лет, когда Сиддханта Сарасвати еще был школьником, серьезной частью его занятий стало изучение книг Шрилы Бхактивиноды Тхакура. Кроме того он начал писать книги по астрологии и в то же время организовал Чиракумара Сабху или «Августовскую Ассамблею» для друзей, с которыми регулярно встречался на Площади Бейдон в Калькутте. Члены Ассамблеи, которым вменялось в обязанность соблюдать целибат, обычно обсуждали темы, относящиеся к религии. Цель этого Общества состояла в том, чтобы дать людям возможность серьезно заниматься поклонением Господу и не привязываться к семейной жизни. Но Бимала Прасад был единственным человеком, который соблюдал свой обет безукоризненно.
В1892 году в возрасте восемнадцати лет, он сдал вступительные экзамены и поступил в Санскрит Колледж в Калькутте. Как и раньше, он не уделял особого внимания обязательной программе, но находил время читать все философские книги, какие только были в библиотеке.
Во время каникул в колледже он сошелся с ученым по имени Шринжга Притхвидхара Шарма, с которым обсуждал Веды. Хотя Сиддханта Сарасвати получил хорошую подготовку во всех шести областях ведического знания: шикша (произношение), кальпа (последовательность ведических жертвоприношений), вьякарана (грамматика, особенно использование корней, грамматическое изменение слов и предложений), нирукта (значение спряженных и корневых слов), чандах (произнесение ведических мантр) и джотиша (астрологические и астрономические вычисления), все же он решил обратиться к Пандиту Притхвидхара Шарме для углубленного изучения вьякараны. Пандит оценил его достижения и посоветовал ему посвятить остаток жизни изучению Сиддханты Каумуди. На это Сиддханта Сарасвати ответил: «Моя жизнь отдана единственно развитию учения Шри Чайтаньи, она не может быть посвящена культивированию грамматики. Для меня изучение Вед и их дополнений — не главное».
В1885 году, страстно желая поклоняться Господу и избавиться от настойчивых требований начать семейную жизнь, он покинул колледж. В своей автобиографии он пишет: «Если я буду продолжать прилежно учиться в колледже, на меня будут давить, чтобы я женился. А если меня сочтут глупым и никчемным, тогда ни у кого не возникнет искушения помолвиться со мной». Рассудив таким образом, я бросил колледж и, чтобы поддержать свою жизнь, нужную мне для служения Хари, стал подыскивать себе достойную работу, исполняя которую я мог бы рассчитывать на скромный доход».
В студенческие годы он писал для журналов очерки на духовные темы и резко критиковал религиозные злоупотребления, которые широко распространились в обществе. В 1887 году он создал в Бхакти-Бхаване чатушпатхи (маленькую академию) под названием «Сарасвати Чатуспати». Многие ученые из Калькутты посещали его лекции и доклады по астрономии. Он публиковал журналы «Джотирвид» и «Брихаспати», а также старинные астрологические тексты, такие как Сурья-сиддханта, знаменитый и весьма авторитетный санскритский трактат по астрономии. Здесь он основал и издавал альманах «Бхакти-Панджика». Он хорошо владел и восточной, и западной астрологией, но предпочитал, естественно, ведическую астрологию. Сэр Ашутош Мухерджи предложил ему кафедру астрономии в Университете Кулькутты, но Сиддханта Сарасвати отклонил эти предложение, опасаясь, что это обременит его духовную жизнь. По просьбе Шрилы Джаганнатхи даса Бабаджи он составил Шри Навадвипа Панджику, вайшнавский календарь, в котором месяцы, половины лунных месяцев, дни недели и лунные дни, звезды и т.д. назывались именами Вишну. Впрочем, он недолго занимался астрономическими изысканиями и вскоре полностью посвятил себя поклонению Богу и распространению учения Шри Чайтаньи Махапрабху.
С 1895 по 1905 года Сиддханта Сарасвати служил при дворе царя Трипуры. Вначале, при Панчасрика Махарадже Вирачандре Маникье Бахадуре, он составил и издал «Радж Ратнакар», историю царской семьи. Работая над этими хрониками он изучил ценнейшие книги царской библиотеки. Годом позже Махараджа оставил этот мир. Его наследник, Радхакишора Маникья Бахадур поручил Сиддханте Сарасвати наставлять царских сыновей в бенгали и санскрите. Царь также попросил его положить конец мошенничеству людей, которые разбазаривали царскую казну.
Сиддханта Сарасвати очень быстро покончил с этим беззаконием, к вящему удовольствию царя. Он оказывал царской семье разнообразные услуги вплоть до 1905 года, когда подал прощение об отставке. Ему не только было дано просимое, но и назначен полный пенсион, который он какое-то время принимал, а затем отказался от него.
В течение этих десяти лет произошло еще много важных событий. В 1897 году он стал строго соблюдать Чатурмасью — сам себе готовил один раз в день, принимал пищу прямо с земли и спал на голой земле. В 1898 году он, вместе со Шрилой Бхактивинодой Тхакуром, посетил Бенарес, Праяг и Гаю, где беседовал о философии с последователями Рамануджачарьи. В 1899 году Сиддханта Сарасвати опубликовал ряд статей на духовные темы в калькуттском еженедельнике «Ниведана».